trRNA2 (2026)：将 Secondary Structure 引入 Attention 并驱动 RNA 构象建模
trRosettaRNA2 利用二级结构 (SS) 做了两件很有意思的工作 让SS加权于attention 通过多 SS 条件输入实现 RNA 构象分布 SS加权于attention trRosettaRNA2 除了将ss作为一层feature，...
RhoFold (2024)：使用基于语言模型的深度学习方法进行精确的RNA 3D结构预测
模型架构RhoFold+是一个全可微分的端到端框架，从RNA序列输入直接输出全原子3D结构。架构分为几个关键模块： 输入处理和特征提取： RNA-FM：一个12层Transformer模型，预训练于~23.7百万未标注RNA序列（来自~80万种物...
论文笔记 (2017)：RNA结构预测背景和方法
RNA结构一级结构即核苷酸序列。新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息。 二级结构 碱基互补配对形成的局部双螺旋 (helix) 结构 碱基配对 A-U G-C G-U：摇摆碱基配对 ...